芳香植物用于治疗疾病的历史跟人类历史同样久远，或许还更长远。就以动物而言，当它们有病痛时，总会寻找某种药草或青草。人类向来依赖植物的营养价值，因此必然会渐渐察觉吃完植物后的效用，而发展出草药的知识。一开始必定是尝试错误，许多植物是有毒的。根据考古学家在法国多尔多涅(Dordogne)的拉斯科洞穴(Lascauxcaves)中发现早在公元前一万八千年芳香植物就已供药用。
最早的植物药典据说是中国人所写，由公元前一千至七百年间的帝王神农所编纂的《本草》，他在《本草》中列出二百五十种的药草，诸如婴粟、大麻与其治疗方式，其中有许多疗效已为世人所熟知。
一、埃及人与芳香疗法
芳香植物在希伯来、阿拉伯与印度文明的医疗史上也扮演了举足轻重的角色，但古埃及的芳香疗法却是一种生活方式。在中国人发展针灸之际，埃及人正将香膏便用在宗教仪式与医疗上。远溯到公元前四千五百年的记录就显示：香精、有香味的树皮与树脂、辛香料、香醋、酒与啤酒，皆用于医疗、仪式、星象学与尸体防腐上。一九二二年开启图唐卡门(Tutanknamun)之基时，发现了许多瓶瓶罐罐中放了没药与乳香(两者都是取自树脂)，平时供药用和作为香剂，当时药与香剂是互通的。
艾德富(Edfu)神庙中之纸革与石碑上的象形文字经翻译后显示，最高祭司与炼金术士将芳香物质混合成特别的处方，制成香精与药水。神庙中，诸如切碎的雪松树皮、藏茵香籽与欧白芷根等芳香物质浸在酒或油中，或燃烧让空气芳香。祭司知道某些香味有提振群众精神的力量，或是有助于产生平静状态的功用。有一种最受喜爱的香精即是闻名遐尔的「姬妃」(Kyphi) 混合了十六种不同的物质，其中包括没药与杜松，吸入后龙提高祭司的感觉能力与精神敏锐度。这种香料用于今日的宗教仪式上，也具有同样的目的。
一八七0年代，埃及人发现了七十多卷埃伯斯纸草文(EbersPapyrus)的医学书卷。这书卷远溯至公元前一五00年左右，上面记载了八百种主要为草药的处方与治疗方法。有一卷稍早发现的书卷，称为艾德文，史密斯(EdwinSmith)卷，也是有关医学的文献。我们从这些书卷得知，埃及人用锐、芦荟、没药、蜂蜜的混合液，治疗花粉热。(顺带一提，没药至今仍用于治疗喉痛与咳嗽)。
芳香疗法的原则也应用于埃及著名的尸体防腐技术上。这些处理防腐的专家了解植物的天然抗菌与抗腐效用，以及如何运用植物以保存人体。我们已从木乃伊的身上分离出白松香(galbanum)，以及诸如丁香、肉桂、肉岂蔻等香料。这些防腐剂具有惊人的神效，在显微镜的检验下发现肠的碎片经数千年后仍未有丝毫的腐烂现象。
埃及人还将芳香疗法的原则运用在烹调上，他们将香料运用在烹调上的知识令人佩服。添加了诸如藏茵香、莞要与洋茴香等香料在粟与大麦面包中，让面包更好消化。许多辛香料与香料类精油都有帮助消化的功效，但近年对诸如藏茵香的研究显示，其中有一种成份--香芹嗣(Carvene)，尤具强效，能刺激胆汁的分泌。他们也常吃洋葱与大蒜，在所有木乃伊的墓中或墓旁一律可见洋葱球，作为前往来世的陪葬。洋葱当然具有强大的抗菌作用，天天食用，能预防伤风感冒。大蒜的杀菌作用如今亦是众所周知，从奇欧普(Cheeps)金字塔上的铭文可知，建造金字塔的奴役一早会吃一瓣大蒜，提供活力，有益健康。今日，大蒜是大家所熟知的强力天然解毒剂，可抗细菌与病毒感染。
二、希腊与罗马的发现
埃及人提升了利用植物精萃以调节情绪、防腐与控制疾病的技术，往后植物的药效仍不断有新的发现。譬如希腊人将医学由半迷信提升为科学。希波克拉底是公认的医学之父，是第一位以确实观察来建构医学知识与治疗原则的医师，从此之后，医生们全都烙守希波克拉底宣言所揭示的原则，其中的一个健康之道就是每日用精油泡澡和按摩，而这也是今日芳香疗法的中心原则。他知道某些植物的抗菌作用，因此当雅典爆发了流行瘟疫，他力促民众在街角焚烧芳香植物，防止自己受感染，避免瘟疫扩散。此时，植物的知识一日千里，在泰奥弗拉斯托斯(Theophrastus)这位素有植物学之父的著作(植物史HistoriaPlantarum)问市后达到颠峰。
在罗马势力达到顶点的时期，是由希腊的移民医生与追求知识者掌控了医界。其中一位即是尼格(Nero)军队中的希腊外科医师狄欧斯科里德，撰写《论医药D，MteriaMedica》卜成为有关药草属性与用途的丰富教科书。他也记录诸如植物与其活性成份何时效力最强等的进一步细节。植物生命中不容否定的事实 即成份绝非一成不变，会因时辰、季节、生长状态而异；在几近二千年后的今天，这依然为精油工业所沿用。以婴粟为例，早上的产量是晚上的四倍；茉莉的香气，也就是其原精的功效在晚上最强，这也是印度人在晚间采收茉莉的原因。狄欧斯科里德也是第一位使用杨柳熬汁，治疗痛风等疼痛的人(这种熬汁自此之后成为最常见的止痛剂 阿斯匹林)。
虽然罗马人对植物医疗特性的兴趣不及食用烹调来得大，但在植物方面具极大的影响。当罗马军团的足迹遍布欧洲时，士兵随身携带所需或必备的植物种籽，种在他们驻扎的地方。英格兰的许多药草 欧芹、面香与圆叶当归，就是罗马人传入的。沿着这些士兵行进的路线上，许多植物今日仍满山遍野地长着。
三、迈向文艺复兴
虽然这些早期先驱仅如昙花一现，但中国与印度仍绽放光芒。自四世纪起发展文明的阿拉伯人也延续着这种探索式的科学精神。有位阿拉伯人是那不勒斯附近著名沙雷诺医学院的创校人之一，这位阿拉伯医师阿维西纳十一世纪出版的著作《医学规范canonofMedicine》，阿比西纳也被认为是发明蒸馏法以提炼植物精萃的人。身为大冒险家且广为殖民的阿拉伯人将他们的知识传播到世界各地，他们也是擅长贸易的商人，是许多东方植物传入欧洲的功臣，最大的功劳应是为欧洲人带来许多辛香料 用于烹饪与医药上。
欧洲从六世纪左右的中世纪延伸至十四世纪的文艺复兴时期，就医学发展而言，都不能算做启蒙时代，但仍有一些孤独的声音可闻，其中之一就是十三世纪的圣希尔德嘉德宾根女修道院院长曾撰写四篇有关药用植物的论文，这些作品至今仍具参考价值。
十四世纪初席卷欧洲的黑死病摧毁欧洲三分之一至一半的人口，当时的医学除建议带着草药香丸或在住宅与街角焚烧香料外，别无他法。当然理论上说这也是属于芳香疗法，但仅沾上皮毛，又为时过晚。随着文艺复兴继之而来的是精彩的探险时期。哥伦布力排众议，认为地球是图的，若往西方航去，终可到达那盛产着丰富的香料的东方。一四九二年他登陆了自认是东印度群岛的地方，实际上是巴哈马。自此，美洲许多新植物传入欧洲。印加人所嚼之刺激的可可叶，从南美传入；土著与北美印地安人用于医疗的其它植物也按着传入，诸如香脂，加拿大香脂与秘鲁香脂，也从此收进欧洲药典中。
四、欧洲草药师
十六世纪与十七世纪堪称是欧洲药草史上最灿烂的黄金时代，英国的草药师即包括了杰拉德(Gerard)、帕金森(Parkinson)与卡尔培波(Culpeper)。一六六五年瘟疫再度爆发时，对付这种疾病的方法不比二百年前高明多少。虽然此后随着英国皇家学院的成立，带动知识的跃进，林奈的植物分类、库克的探险、以及诸如毛地黄、牛痘、奎宁与麻醉的医学发现 市麻醉在一八九三年获得维多利亚最高的皇家许可:「我们有了这个婴孩，我们有了氯仿(chloroform)。」
虽然当时渐渐以科学方法研究医药，但芳香疗法的原则依然并行，到了十八世纪末，医界还是广用精油。然而随着化学逐渐蓬勃发展，成为一门学科后，植物的药效可以在实验室中合成 而且效果更强、更快，芳香疗法在药学界的地位逐渐风光不再，整个学问渐渐被视为古怪的疗法。
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